人工RNA分子により動的な遺伝子発現制御を実現する「非組換えRNA技術」体系の構築

遠藤 慧
(京都大学iPS細胞研究所 初期化機構研究部門 特定研究員) ※現職 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 生命分子遺伝学分野 助教

2016年4月22日金曜日

実験補佐員の募集

 
 

採用者決定につき、下記募集は終了しました。ご応募ありがとうございました。(2016.5.18) 
ただいま我々の研究室では実験補助の業務を担当していただける方を募集しています。
【求人情報 (JREC-IN へのリンク)】

主に大腸菌や酵母の遺伝子工学実験を担当していただくことになる予定です。もちろんこのような実験の経験のある方だと大助かりですが、経験の乏しい方でも新しいことに取り組んだり、未知のことに挑戦したりする意欲のある方ならば歓迎です。明るく楽しく、でも科学には厳しく、一緒に研究しませんか。

もし適任の方をご存知でしたらこの求人情報をお伝えいただけると幸いです。


###

新年度も3週間が経ち、徐々に落ち着いてきたかな〜と思っていると、もうゴールデンウィークが目の前です。今年度、科研費が採択されたことなどもあって、上記のように実験補助員も募集することができました。私は、わりとチームより個人の研究を指向するタイプだと思いますが、それでも決して一人だけで研究することはできません。研究の一部分を外注することも多くなってきていると思いますし、研究室で実験をサポートしてくれる方の存在はとても大きいものです。まぁ、そのためには結構な経費がかかるわけですが。経費だけでなくて、時間、労働力、実験材料、場所、設備などなど限られた資源をいかにうまく活用するか、その能力をひっくるめて『研究者の能力』として問われているんですよね。と、つくづく思います。

もちろん先輩方や同僚や知人、時には後輩などに指導してもらったりも。さらに所属している大学の職員の方々からも、目に見えるところでも見えないところでも多大なサポートを受けている訳ですよね。自分が好きで研究をやっているようでも、かなり多くの人のサポートの上ではじめて成り立っているものだな、と改めて物思った朝でした。

2016年2月24日水曜日

論文公開 & 柏サイエンスキャンプ




本日、主に前職の京都大学 iPS 細胞研究所 (CiRA) で取り組んでいた研究成果を報告した論文が公開されました。

“High-resolution Identification and Separation of Living Cell Types by Multiple microRNA-responsive Synthetic mRNAs.”
Endo, K., Hayashi, K. & Saito, H.
Scientific Reports 6, 21991; doi: 10.1038/srep21991 (2016).
[論文へのリンク]

研究の内容としては、試験管内で合成したmRNAを細胞に導入することによって、細胞内の微妙な状態の違い(具体的にはマイクロRNAの活性の違い)をきれいに識別できる、というものです。例のごとく CiRA のプレスリリースで分かりやすく解説していただいていますので、研究の概要はそちらをご参照していただくとよいでしょう。細胞の内部の情報(状態の違い)を利用して、でも細胞を殺さずに、なるべく細かく細胞を分類したり精製したりできないか、という考えのもと、CiRA に参加した当初から取り組んできました。これまでにもいくつか研究成果を報告してきましたが、自分のなかでは、この一連の研究のなかで今回の論文の内容が一番重要なポイントだと思っているので、こうして公開されてうれしいかぎりです。これらの成果が今後の医療や基礎研究の進展に少しでも貢献できることを願っています。

一方、今月の最初には、教養学部生が柏キャンパスで研究を体験する柏サイエンスキャンプが開催されました。我々の研究室にも3人の学生が参加してくれました。年末から1月末にかけて上記の投稿論文のリバイズが入ってしまったので、今回のプログラムの準備がかなり慌ただしくなってしまったのですが、サイエンスキャンプの開催期間には無事かぶらず幸いでした。にもかかわらず、開催期間中に(その少し前から)今度は私が体調を崩してしまって、それはそれで危なかったです。今回の参加学生は3人とも学部の1年生で、私から見ると実に15年も後輩にあたるのでしたが、大学院生レベル(のつもり)のプログラムにとても熱心に取り組んでくれました。3泊4日の短い間でしたが、今回の体験が彼らの今後の進路選択に少しでも貢献できればうれしく思います。

2015年8月4日火曜日

和文総説と原著論文が発表されました




最近 2 報の論文が発表されました。


1. 和文総説(細胞工学)


1 報はもう 2 週間前のことなのですが、現在の所属での和文総説が細胞工学(秀潤社)の8月号に掲載されました。

  真核生物のtRNA分子擬態複合体による遺伝暗号解読機構
   伊藤耕一、和田美紀、遠藤慧
 細胞工学, 34 (8): 745–749. (2015)

我々の研究室の研究内容(のごく一部ではありますが…)を日本語で解説した総説論文が発表される機会はそんなに多くはないと思いますので、特に大学院進学を考えている学部生の皆さんにはちょうどよいのではないかと思います。

ところで、この細胞工学8月号ですが、偶然にも前所属の齊藤先生(と藤田先生)も寄稿されていました。研究者の世間はなんだか狭いものだなぁ、と感じました。

  翻訳制御の合成生成物学
   藤田祥彦、齊藤博英
   細胞工学, 34 (8): 783–789. (2015)

現所属にはまだ半年ちょっとくらいですので、私のこれまでの研究成果はむしろこちらの総説で解説していただいています。是非ご覧ください。


2. 原著論文 (Nature Biotechnology)


もう 1 報は原著論文で、米国 MIT の Ron Weiss 教授らの研究グループとの共同研究の成果が Nature Biotechnology のオンライン版に公開されました。

  Mammalian synthetic circuits with RNA binding proteins for RNA-only delivery.
   Wroblewska, L., Kitada, T.*, Endo, K.*, Siciliano, V., Stillo, B.,
     Saito, H. and Weiss, R. (*equal contribution)
   Nature Biotechnology, in press. doi:10.1038/nbt.3301
   論文へのリンク(Nature Biotechnology)

私たち生き物がそもそも持っている遺伝子の仕組みや、当然それに基づいた従来の遺伝子工学では、「DNA」と「転写レベルの制御」によって遺伝子同士のネットワークが構成されています。一方、今回公開された論文は「RNA」と「翻訳レベルの制御」で同等のネットワークを再現しようという試みです。今後、特に医療などの応用分野において、高次元の遺伝子ネットワークを人為的に作成して利用することを視野に入れたときに、今回の論文のような、言わば『非組み替えRNA技術』の概念がきっとトレンドになるものだと信じています。

この論文のキーコンセプトは私が前所属の京都大学 iPS 細胞研究所に移ったときから目指していたもので、一時は自分の力だけではインパクトのある研究論文として成立させることはできないだろうとあきらめていたのですが、同様のコンセプトで研究していた米国 MIT の Ron Weiss 教授らのグループとうまくお互いに補完し合える形で共同研究を実施することができました。というわけで、この研究論文の著者の一人になれたことをとても光栄に思いますし、定期的なオンライン会議をはじめ米国の研究グループとの共同研究の過程では非常に貴重な経験をすることができました。

ところで、この論文の 2 番目の著者は MIT でポスドクをされている日本人の方なのですが、実はなんと私の学部生時代の1コ後輩でした。研究者の世間はなんだか狭いものだなぁと、つくづく感じました。

2015年6月26日金曜日

学部学生の学生実験




東京大学の教養学部1、2年生(理科)向けに

柏キャンパスサイエンスキャンプ

なるものが開催されます。先ほど知ったのですが、今日の夕方(6限)と来週火曜日の夕方(6限)にプレガイダンスが行われるようです。興味のある方は参加してみてはいかがでしょうか。

実は今回、我々の研究室も参加しています。日程はまだまだ先の話になりますが、来年2月2日からの3泊4日です。この日程での正規のガイダンスは9月25日に開催されるようですね。

柏キャンパスサイエンスキャンプ IV
(6) メディカル情報生命専攻 生命分子遺伝学 伊藤耕一 教授
  遺伝子の発現をコントロールするスイッチをつくろう

なんと3泊4日の宿泊費は大学負担らしいです。1日だけだと移動も大変なうえに、あまりキャンパスに滞在する時間もとれないでしょうから、柏キャンパスをある程度まとまった期間で体験でできる素晴らしい機会じゃないかと思います。思い起こせば十数年前、私の教養学部生時代にもいくつかの実習に参加しました。日帰りでしたが地質の実習で伊豆大島や三浦半島に行ったり、三崎の臨海実験所に1泊の実験に参加したり。そういえば伊豆大島は船中一泊だったような。普段同じキャンパスにいながら、なかなか新しい人と知り合う機会もないと思うので、知り合いの輪を広げるチャンスでもあったと思います。


ちなみに先週の後半から学部学生の実験を少し手伝う機会がありました。先週は2日間それぞれ半日で、しばらく間があいて今日の午後 30 分くらいです。わずかな時間だけでしたが、学部生のいない部局にいる私にとっては貴重な経験で、昨年の「やさしい科学技術セミナー」依頼くらいでしょうか。いや、さすがに中学生と学部生を一緒に扱っちゃダメですね。

手つきなどもたどたどしくて、実は、実験は本当に大丈夫なのかな…などと思っていたのですが、侮るなかれ結果は立派なものでした。今回の経験が彼らの将来に少しでも役に立ってくれれば光栄です。さらに欲を言えば、我々の研究に少しでも興味を持ってもらえるとうれしいのですが、、、とにかくお疲れ様でした!

2015年5月22日金曜日

論文が公開されました




先日のブログで少し触れていましたが、主に前職の京大 iPS 細胞研究所 (CiRA) で携わっていた研究成果について、本日、論文がオンライン公開されました。


doi:10.1016/j.stem.2015.04.005
論文本文へのリンク (Science Direct)

雑誌の方には6月号での発表になる予定だと思います。この論文は、山中先生・吉田先生のグループと CiRA 研究所内での共同研究でした。著者がものすごく多いですので、それなりに大きな研究プロジェクトと言えるのかもしれませんね。一応、私は共同筆頭著者の一人として参加しています。私はもともと再生医療や幹細胞の研究とは全く縁のない mRNA の研究に携わっていました。幸運にも iPS 細胞研究所に参加する機会を得て、そのときから、再生医療・細胞療法を中心とした医療の分野で、試験管内で合成した人工の mRNA 分子をどうにか有効利用して役立てられないだろうか、と思って研究を進めてきました。今回はその研究成果の第一歩という感じで、うれしい限りです。

今回の論文が掲載される Cell Stem Cell という論文誌は、Cell Press という生物系の論文を専門に扱う結構メジャーな出版社から発行されている幹細胞関連の研究に特化した論文雑誌です。お恥ずかしながら CiRA に所属するまでは存在を知りませんでした……今回の論文は、そのなかでも Resource という Cell Press に特有の、新しい材料・方法・解析データなどを特に取り扱う論文形式でした。記事の形式も投稿プロセスも一般の論文(Article)と何も違いがないので、わざわざ記事のタイプを分類しなくてもいいんじゃないかな、とも思いますが、ある程度の分類がなされていた方が読者にはわかりやすい、ということなのかもしれないです。

CiRA のウェブサイトでは一般向けに日本語で解説されているので、きっと論文を読まなくても、あるいは分野外の方にとってもわかりやすいのではないかと思いますので、こちらも紹介してしまいます。


マイクロRNAをつかった細胞の選別方法の開発 ~高純度な心筋細胞の作製に成功~(京都大学 iPS細胞研究所


さらに、なんと日経新聞などのメディアでも紹介されたようです。

iPS由来の細胞選別、種類別に正しく 京大が新手法(日経新聞)


せっかくの機会ですので近所のコンビニまで日経新聞を買いにいきました。午後だったせいか、もう一部しか残ってなかったですが、無事に新聞ゲットできました。

2015年4月1日水曜日

新年度

新年度になりました。先ほど確認したら、無事、専攻のウェブページが更新されているようでした。

東京大学 大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻

本日から発足となります。今週土曜日のシンポジウム・大学院説明会にも是非お越し下さい。

新専攻に入学された一期生の皆さんは今後ともよろしくお願いします。


私の近況ですが、前所属の京都大学 iPS 細胞研究所での研究論文が受理されました。きっと近いうちに公開されることだと思います。そのときにはきっと詳細も報告できると思います。うれしいニュースが続いて本当に幸せなことです。

2015年3月24日火曜日

新専攻発足

今年度もあとわずかになってしまいました。毎年この時期の恒例ではありますが、1年経つのは早いもので、今年度もあっという間だったように感じます。

今年度は、春の Japan Prize の授賞式と晩餐会、秋の京都から現所属への異動を筆頭に、これまでの人生でもかなり多くのイベントがあった一年でした。その締めくくり (?) として、つい数日前、待望の子どもが誕生しました。初めてのことばかりなので戸惑うことも多いですが、そしてこれからはもっともっと多くなるんでしょうけど、小さなことでも大変なことでも楽しんで取り組めたらいいですよね。ある意味では研究にも通ずるところがあるような気もします。もちろんお仕事にもますます力が入ります。


さてさてそんなお仕事について。まだ異動してから半年も経っていないのですが、また所属が変わります。といっても別の場所に移るというわけではなく、現在所属している専攻が合併して新しい専攻に生まれ変わります。

その名も、

東京大学大学院 新領域創成科学研究科

メディカル情報生命専攻


です。

詳細はウェブページで! URL: http://www.cbms.k.u-tokyo.ac.jp

っとバシっと決めたいところなのですが、詳細な情報は年度があけて4月1日に更新のようです。きっとエイプリルフールではないはずですので、信じましょう。現在でも新専攻のキックオフシンポジウムと大学院説明会のポスターが掲載されていますので、興味のある方は上記ページを要チェックです。

キックオフシンポジウムも大学院説明会も4月4日東京大学 本郷キャンパスで開催されます。これからの医科学と情報科学の融合へ向けた新専攻ですので、こういった分野に興味のある方は、大学院の進学希望者に限らず、どしどしご参加ください。

キックオフシンポジウム
日時:4月4日(土)13:00
場所:東京大学伊藤国際学術研究センター 伊藤謝恩ホール

入試説明会
日時:4月4日(土)10:00
場所:東京大学伊藤国際学術研究センター 伊藤謝恩ホール

、、、場所は赤門の近くにわりと最近できたところでしょうか?本郷キャンパスにはほとんど行かないので、たまに行くと浦島太郎な気分を味わえます。

ポスターを見ていただくとわかりますが、大学院の説明会は5回ほど開催が予定され、そのうち2度かはラボへの見学ツアーもあります。専攻に興味のある方はもちろんですが、私たちの研究室で一緒に研究したい、とちょっとでも興味を持った方、お待ちしています。

最後の方、ほとんど宣伝になってしまいましたね。

2014年11月10日月曜日

論文紹介記事が掲載されました

Nature Methods 誌今月号の News and Views に論文紹介記事が掲載されました。

“Expanding the synthetic ribonucleoprotein world in cells”
Kei Endo, Callum Parr & Hirohide Saito
Nature Methods 11(11): 1105–1106 (2014)

Pubmed の登録情報によると10月30日公開のようですので、だいぶ報告が遅れてしまいました。

今回は、自分の研究結果を報告した論文を紹介してもらったのではなくて、他の研究者の論文を紹介する記事になります。紹介した論文は、同じ号に掲載されている以下の Full Article です。

“A general design strategy for protein-responsive riboswitches in mammalian cells”
Simon Ausländer, Pascal Stücheli, Charlotte Rehm, David Ausländer, Jörg S Hartig & Martin Fussenegger
Nature Methods 11(11): 1154–1160 (2014)

責任著者の Fussenegger 教授はスイスの ETH Zurich にいる合成生物学分野の世界的な大家の一人で、毎年毎年何報もトップジャーナルに論文を報告しています。あやかりたいというか、見習わないといけないです。


今回、このような論文の紹介記事を書くのは初めてだったので、なかなか貴重な経験をすることができました。

が、研究者としては、むしろ他の研究者に紹介してもらえるような論文を自分が書かないといけないですよね。

2014年11月7日金曜日

上京物語

長らくご無沙汰になってしまいました。
なにかとバタバタしているうちに3ヶ月。一年の4分の1がすぎてしまい、今年も残すところわずかです。

突然の報告になってしまいましたが、このたび東京大学で助教のポストを得ることができ、先月末に京都を離れて、今月から東京に引っ越してきました。いや、実際には東京ではなくて、千葉県柏市にある東大の柏キャンパスというところです。言ってみれば、東京ディズニーランドと同じような感じですかね。

高校を卒業してから大学、大学院と10年間ほど東京に住んでいました。先月末の引っ越しのとき、新幹線から有楽町駅の東側に有楽町マルイと東京交通会館、さらにその奥にプランタン銀座が見えたとき、

   おぉぉぉ、東京に帰ってきたんだなぁ…

と、なんだかちょっぴり感動的な気持ちになりました。
京都で働いていた頃も、年に1、2度は東京に出張することがあったのですが、そういったときは特に何の感慨もわかなかったのに不思議なものです。


東京大学で博士号を取得してから、京都で研究員として働く機会をいただけました。都合4年半京都で働いていたことになります。この間に一度所属が変わったのですが、上司だった齊藤博英先生の独立に伴った異動でした。というわけで、2ポスドクとまでは言い切れず、だいたい1.5ポスドクの経験といったところでしょうか。京都での研究生活では、大学院時代に経験できなかった多くの大切なことを学べたと思います。

後半に所属していた京都大学 iPS細胞研究所は、とても新しくて今も勢いよく発展している研究所です。ノーベル賞を受賞された山中伸弥教授が所長を務めていらっしゃるので、ご存知の方も多いかもしれません。

この研究所では、研究室の間に間仕切りがなく、大広間に実験机とデスクが並んでいます(オープンラボと呼んでいます)。隣の席は隣の研究室の学生だったり、同じような立場のポスドクだったりしました。最初の頃はこのようなオープンラボにも違和感があったのですが、わりとすぐに慣れてしまい、むしろ幅広いバックグラウンドをもった多くの人たちと日常的に交流できることが非常に魅力的でした。この研究所での3年間は、とてもかけがえのない経験で、今後の研究者人生にとって大きな財産になったと思います。

京都でお世話になった皆様、本当にありがとうございました。


さてさて、新しい所属は、
 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻
といって、とても名称が長くて、こちらもなんだか現代的な響きの部局です。

とはいえ、大学院の頃にお世話になった准教授の先生が独立された研究室なので、いわば古巣のような研究室でもあります。今回、新しい研究室に移り、また大学教員という新しい立場になったこともあって、今後より一層研究に励もうと気持ちを引き締めているところです。

まだまだ若輩者ですが、今後ともどうぞよろしくお願いします。


今回、京都から東京へ移動したことを「上京(じょうきょう)」物語にしちゃいましたが、正しかったでしょうか。本来はむしろ「下向」物語にするべきなのかな、と思ってみたり。

2014年7月24日木曜日

セミナー参加の様子をウェブ上で紹介してくれていたようです。

はやいもので「やさしい科学技術セミナー」からもう2週間近く経ちましたが、続報です。

参加してくれた中学校のみなさんが、参加の様子をウェブ上で紹介してくれていたようです。以下に紹介させてもらいます。
立命館宇治中学校のみなさん
・同志社中学校のみなさん(PDFファイル

みなさんどうもありがとうございました。楽しんでいただけたようで、なによりです。是非、家や学校でもチャレンジしてみてください。

そういえば実験で使ったコーヒーメーカーの底に、塩?バナナ?カビ?が、たくさんこびりついてました。終わった後にちゃんと洗ってなかったんでしょうね。実験でも後片付けは大事です。


携帯で写真取ったらピンぼけでした。わかるかな?
実はこれまで一度もデジカメを買ったことがなかったりするので、そろそろ本気で手に入れることを考えないと。
(「考えないと。」あたりに買う気のなさを感じます。と自己分析)

2014年7月15日火曜日

セミナー資料へのリンク

今更なんですが『やさしい科学技術セミナー』でした。
ずっと『やさしい科学セミナー』だと勘違いしてました。
お恥ずかしいかぎりです。

さて、昨日に引き続き、先週末のセミナー資料へのリンクを
忘れないうちに追記しておきます。

今回参加してくれた方々の復習に、あるいは同様のセミナーの参考に、
はたまた、このような興味のある方々の独学に、参考にしてください。

1. HD セントラルドグマ -synra editon- 日本語ナレーション版
理化学研究所 オミックス基盤研究領域 作製
* youtube へのリンクです

科学技術館で公開されている動画のようです。
クオリティ高いです。研究者が見てもなかなか楽しめるんじゃないでしょうか。私にとってはいろんな意味で面白かったです。
今回は中学 1 年生に多く参加していただいていたようなのですが、
ちょっと難しすぎたかもしれません。


2. Power of Ten
Webサイトにも youtube にもオリジナルの動画があります。
少し古いのですが、一般的にも著名なショートフィルムです。
素粒子から宇宙までの大きさを体験できます。

ただし、Webサイトも動画のナレーションも英語です。


3. 今月の分子
日本蛋白質構造データバンク(PDBj: Protein Data Bank Japan)

こちらは動画ではなく Web サイトです。
内容は PDB の同名記事の日本語訳みたいです。
2000年から毎月1つ、タンパク質の立体構造が解説されています。


4. 3D Animation Library(Web サイト)
DNA Learning Center, Cold Spring Harbor Laboratory

今回は、
・The Central Dogma of Biology
・Mechanism of Replication (Basic)
・How DNA is Packaged (Basic)
の 3 本の動画を紹介しました。

こちらも英語ナレーションです。
“Basic” にはもうちょっと解説の詳しい “Advanced” もあります。
理研の動画に比べて実際の分子の形を反映しているのですが、
初見では形や動きがちょっと気持ち悪く感じるかもしれません。


このような内容の動画や記事を無料で手軽に閲覧できるというのは、すごいことですね。とはいえ、もしかしたら私が子供のころも図書館などには同様の資料があったりしたのかもしれません。そう考えると今も昔も、どこにどんな情報があるのか、どこでどんな情報を手に入れられるのか、を知っていることが大事なのでしょう。

ちなみに今日はアメリカの共同研究先と TV 会議でした。
距離 11,000 km、時差 14 時間。こちらもなかなかすごいことです。
まあ、時差については人間が時間を調整して対応します。

と時代の流れに思いを馳せました。
(もちろん、そんなことを言えるほどの年齢ではないのですけど)